O Laboratório de Pedologia (Laboped) do DG-FFLCH-USP foi criado em 1966, dentro do quadro dos Laboratórios do antigo Instituto de Geografia (IGEOG), que integrava o conjunto de Institutos Universitários da USP (1963). O Laboped era uma unidade independente, com estrutura administrativa própria, embora intimamente ligado ao Departamento de Geografia. Sua instalação, no espaço físico que ocupa até hoje, aconteceu no momento em que os cursos de Geografia e História passaram a funcionar no edifício Eurípedes Simões de Paula (Prédio de Geografia e História), na Cidade Universitária. Nessa ocasião, o espaço do vão intermediário (mezanino) do prédio recém construído foi destinado à instalação de todos os Laboratórios do Instituto, bem como das salas da administração e dos outros acervos do IGEOG-USP, como o Arquivo de Fotografias Aéreas (AFA). Em 1986, o Instituto de Geografia foi extinto, então os Laboratórios (seu corpo técnico e administrativo) foram incorporados ao Departamento de Geografia da FFLCH-USP, ao qual são vinculados até os dias atuais.
Sob a liderança do Prof. Dr. José Pereira de Queiroz Neto, primeiro coordenador do laboratório, o Laboped, desde a sua concepção, estabeleceu como linhas e metas (1) a interação e cooperação com centros de pesquisa nacionais e internacionais, (2) o empenho na difusão do conhecimento, (3) o destaque à pesquisa e, sobretudo, ao ensino e aperfeiçoamento técnico dos seus quadros de pesquisadores e alunos, (4) e o incentivo à experimentação e aplicação de novas metodologias. Outra característica semeada desde sua criação e enraizada até os dias de hoje é a valorização dos trabalhos em grupo (equipe), tanto nas tarefas de pesquisa como nas de ensino.
Até o ano de 2020, o laboratório contabilizava o expressivo número de 42 dissertações de mestrado e 40 teses de doutorado defendidas por alunos orientados pelos docentes do Laboped. Estas pesquisas estão concentradas especialmente no estudo da gênese das paisagens tropicais e suas formações superficiais, tendo, a partir dos anos 1980, a Análise Estrutural da Cobertura Pedológica como elemento norteador. Entretanto, novas linhas de pesquisa têm sido introduzidas, como o estudo das influências neotectônicas no relevo, os solos urbanos, sistemas agroflorestais e a relação do solo com as populações tradicionais.
Neste contexto, a missão do Laboped é apoiar as pesquisas dentro de sua área de atuação, bem como servir de base para o ensino em ciência do solo.